日本是多山地的國家，有許多因火山活動和侵蝕作用等自然現象所產生的溪谷及溪流。經過漫長歲月雕琢而成的獨特岩石造型和自古以來終年清澈流水潺潺不斷，便是溪流和溪谷的魅力所在。草木滋長的春天、涼風拂面的夏日、樹葉變色的秋季等，依照季節不同，溪流及溪谷也散發著不同的魅力。

位於青森縣的「奧入瀨溪流」總長有14公里，沿途的瀑布景觀等是這條溪流最主要的特色。位於琦玉縣秩父市的「入川溪谷」，保有未經開發的原生林，是人們療癒身心的地方。即便是日本的主要都市東京都裡，也有「等等力溪谷」，從東急大井町線「等等力」站步行五分鐘即可到達。

除了最基本的沿著溪谷、溪流步行前進的「溯溪」之外，搭乘日本木舟順著溪水而下的「泛舟」也相當有名。知名的泛舟地點有琦玉縣「長瀞搭船溯溪」。此外，在溪流中棲息著「岩魚」及「櫻鱒」等魚，也舉行以釣這些魚為主的「溪釣」活動。但要注意的是，在日本有許多地方的溪釣是需要經過許可的，安排行程時請事先確認。

日本是四周環海的島嶼型國家，所以當小河川和大河川匯合之後便會直接流向大海。湖泊也有因被山峰包圍而生成的自然湖泊，和因水庫的建造而產生的湖泊等不同的成因。從東京都市中心搭車，花兩個小時便可到達的「奧多摩」地區，便可以欣賞到水庫的風景，和被環山包圍的湖泊因四季更移而產生的美麗景象。

日本境內最大的湖泊是位於滋賀縣的「琵琶湖」，其面積約佔有670平方公里。此外，跨越靜岡縣與山梨縣的「富士山」周邊有「木栖湖」和「精進湖」等五個湖泊，被稱為「富士五湖」而廣為人知。

在四季分明的日本，樹木會因季節不同而呈現出不同的顏色及風貌。欣賞四季更迭變化與河川及湖泊的對比景觀的樂趣，可說是在日本才能享受到的樂趣。此外划皮艇和獨木舟的人也相當多。從東京都的「白丸湖」，到都市近郊的湖泊都能體驗划皮艇的樂趣。