公元前4世纪到6世纪由释迦牟尼（佛陀或者乔达摩·悉达多）创始的佛教在公元6世纪左右传入日本。因为当时的日本有自己的神道教，所以佛教的传教前途多难。但是592年，以归依佛教的推古天皇的即位为契机，这一状况开始改变。

推古天皇的摄政圣德太子，是对佛教的普及做出了重大贡献的人物之一。圣德太子先在大阪和奈良分别兴建了四天王寺和法隆寺，随后在日本全国兴建了无数寺院。关于圣德太子有很多传说，有说圣德太子与禅宗的鼻祖达摩会见过的，也有说圣德太子是救世观世音菩萨转世的等等。先不管这些传说的真实性，但是因为这些关于圣德太子的传闻轶事，佛教的信徒变得越来越多。

过了8、9世纪，佛教比起变成一种意识上的信仰，更多的是扎根于日本人的日常生活里，还与日本自古以来就有的神道教深深地结合在了一起。这两种宗教在几个世纪里，面对着共通的哲学问题而相互融合，不知不觉中成为了日本人日常生活的一部分。而且在信奉神道教的神社里也建起了佛教寺院“神宫寺”。此外，在寺院摆放供神社参拜者净身的洗手亭，或者摆放佛教的守护兽狮子狗的神社也开始出现。

1868年明治维新，日本的统治者由将军再次回归到天皇，佛教也因此陷入危机。大日本帝国把日本自古以来就有的神道教定为国教，提出了把来自国外的佛教完全区分开来的“神佛分离政策”。因此镇压佛教的运动“废佛弃释”不断加剧，除了把宗教理论区分开来，供奉佛像的神社也被要求把与佛教有关的东西全部拆掉，实质上给佛教带来了巨大的影响。

如今的日本年轻人并不认为自己拥有特定的宗教信仰，但各种各样的传统活动和习俗习惯都来自佛教或者神道教，这也是不争的事实。比如像婚礼等庆典仪式来自神道教，葬礼等与死亡相关的仪式来自佛教，类似于这样的有很多。在日本有一部分家庭会在家里摆放供奉祖先、神明的佛坛，和保佑家人平安的神龛，两者同时摆放。