日本是多山地的国家，有许多因火山活动和侵蚀作用等自然现象所产生的溪谷及溪流。经过漫长岁月雕琢而成的独特岩石造型和自古以来潺潺不断的清澈流水，便是溪流和溪谷的魅力所在。新绿盎然的春天、凉风拂面的夏日、绿叶渐渐染成红叶的秋季等，伴随季节变换，溪流和溪谷也散发出不同的魅力。

位于青森县的"奥入濑溪流"总长有14公里，沿途的瀑布景观等是这条溪流最主要的特色。位于琦玉县秩父市的"入川溪谷"，保有未经开发的原生林，是人们疗愈身心的地方。即便是在日本的中心都市东京都，也有"等等力溪谷"，从东急大井町线"等等力"站步行五分钟即可到达。

除了最基本的沿着溪谷、溪流步行前进的"溯溪"之外，搭乘日本木舟顺着溪水而下的"漂流"也相当有名。知名的漂流景点有琦玉县"长瀞溪谷漂流"。此外，在溪流中栖息着"岩鱼"和"樱鳟"等河鱼，所以也举行以钓鱼为主的"溪钓"活动。但需要注意的是，在日本有许多地方的溪钓是需要经过许可的，安排行程时请事先确认。

日本是四周环海的岛屿型国家，小河和大河汇合之后便会直接流向大海。湖泊也有因被山峰包围而生成的自然湖泊，和因水库的建造而产生的湖泊等不同的成因。从东京都市中心搭车，花两个小时便可到达的"奥多摩"地区，便可以欣赏到水库的风景，和环绕在湖泊周围的群山因四季更移而产生的美丽景色。

日本境内最大的湖泊是位于滋贺县的"琵琶湖"，其面积约有670平方公里。此外，跨越静冈县与山梨县的"富士山"周边有"本栖湖"和"精进湖"等五个湖泊，被称为"富士五湖"而广为人知。

在四季分明的日本，树木会因季节不同而呈现出不同的颜色及风貌。享受四季更迭产生的变化与河川及湖泊形成对比景观的乐趣，可说是在日本才能享受到。此外划皮艇和独木舟的人也相当多。从东京都的"白丸湖"，到都市近郊的湖泊都能体验划皮艇的乐趣。