Penjelasan dari seni bela diri Jepang seperti pedang bermata dua, katana (pedang Jepang tradisional yang digunakan oleh samurai), tombak, busur dan panah dan sumo muncul dalam buku sejarah tertua Jepang bernama "Kojiki" (bacaan: Rekaman Hal-Hal Kuno) . Sekitar abad ke-7, sudah ada sistem pelatihan publik, dimana seni bela diri seperti menunggang kuda untuk tentara, dipraktekkan. Sampai pertengahan era Kamakura (1192-1333) sebagian besar pertempuran dilakukan melalui pertempuran satu lawan satu. Namun, ketika konvensi Jepang terbukti tidak efektif terhadap serangan oleh Kekaisaran Mongolia yang diawali sekitar 1274, taktik militer yang melibatkan sebuah operasi sebagai kesatuan tim ahkirnya menjadi sebuah seni bela diri yang penting selama pertempuran. Sejak perdagangan luar negeri berkembang, senjata api dibawa ke dalam pertempuran dan "hojutsu" (baca: seni senjata api) menjadi jenis baru seni bela diri. Ini adalah bagaimana seni bela diri menyebar dari waktu ke waktu dalam keadaan yang berubah-ubah.

Memasuki periode Edo, seni bela diri menjadi diperlukan tidak hanya untuk kepraktisan dalam pertempuran yang sebenarnya, tetapi juga untuk melayani sebuah tujuan: "menguasai cara, dan melatih pikiran". Seperti layaknya berbagai sekolah lainnya didirikan, seni bela diri dianggap sebagai sebuah "etiket," dan itu wajib bahkan untuk samurai yang tidak pergi ke medan pertempuran untuk bergabung dengan dojo seni bela diri (sebuah lembaga dimana seni bela diri dipraktekkan).

Seni bela diri dan seni tempur yang ada sebelum 1868, (titik dari mana Jepang melanjutkan modernisasi), disebut kobujustu (seni bela diri kuno). Dasar dari semua seni bela diri ini berasal dari "kobujutsu". Bervariasi mulai dari anggar, memanah dan "jiu-jitsu" (seni kelembutan atau fleksibilitas), hingga "suijutsu" (seni air) untuk berenang dan "shinobijutsu" (seni siluman/menyelinap), "Shurikenjutsu" (seni lempar pisau tersembunyi), dll untuk ninja. Dalam proses pengembangan seni bela diri, "kenjutsu" telah menjadi "kendo" (jalan pedang), panahan menjadi "kyudo" (cara busur) dan "jujutsu" menjadi "judo" (cara kelembutan fleksibilitas). Setelah memasuki periode modern, seni tersebut mulai menyebar tidak hanya di dalam Jepang tetapi juga ke seluruh dunia dan selain menjadi dikenal sebagai seni pertempuran, seni bela diri Jepang lebih dikenal sebagai olahraga.

Selain menjadi pertempuran dan pelatihan mental, seni bela diri juga dapat berfungsi sebagai bagian dari ritual Shinto. Dalam agama Jepang Shinto (secara harfiah berarti "jalan para dewa"), persembahan yang dibuat untuk para dewa melalui seni bela diri. Salah satu seni bela diri berdasarkan shinto, adalah sumo, yang berarti "untuk menyerang." Dalam mitologi Jepang, ada penggambaran dewa meraih lengan masing-masing dan melemparkan satu sama lain, yang katanya asal muasal sumo. Yabusame (panahan kuda), di mana seorang pemanah menembak panah saat menunggang kuda, juga berlangsung di sebuah kuil Shinto, di mana mereka membuat persembahan kepada para dewa.

Ninjutsu, "seni siluman/menyelinap", adalah sebuah teknik penilaian intelijen yang telah dipraktekkan sejak sekitar periode Muromachi (1338-1573). Ninja diakui secara global karena pengaruh dari budaya Jepang di film, anime dan manga, namun ada beberapa fitur yang dikatakan telah dibuat-buat, seperti kostum serba hitam, dan tidak menunjukkan diri. Bahkan sekarang, ada sekolah ninjutsu dan dojo seperti Tenshin Shoden Katori Shinto-ryu, Igaryu, dan Koga-ryu, namun sebutan "sekolah ninja" tidak umum di Jepang.

Di sekolah-sekolah dasar dan menengah dari Jepang, baik sumo, judo, atau kendo ditunjuk sebagai pelajaran yang wajib diajarkan untuk kelas pendidikan jasmani. Ada beberapa organisasi yang bertujuan melindungi dan melestarikan seni kobujutsu tradisional seperti "Nippon Budokan" dan "Kobudo Asosiasi Nihon,", serta "Akademi Budo Jepang" di mana penelitian tentang kobujutsu dan seni bela diri modern dilakukan.